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天津云序環狀DNA

來源: 發布時間:2022年04月07日

案例1:母體血漿中染色體外環狀DNA的鑒定與特性分析 作者觀察到在孕婦的血漿中存在染色體外環狀DNA (環狀DNA),并通過限制性內切酶和Tn5轉座酶處理后的改良的測序方法,在孕婦的血漿中鑒定出了環狀DNA分子。他們發現血漿的環狀DNA分子比線性的長,在這些環狀DNA分子中,胎兒來源的環狀DNA短于母體來源的環狀DNA。此外,環狀DNA的閉合圓形結構可能允許抗外切酶,因此這些分子比它們的線性對應物具有更高的穩定性。這些特性為環狀DNA的研究和生物標志物的開發提供了機會。2019年關于環狀RNA的國自然審批金額高達8000多萬。天津云序環狀DNA

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總的來說,eccDNA的形成是依賴于DNA的序列特征、復制過程和DNA損傷的修復的。從目前已有的研究進展來看,就序列特征而言,串聯重復序列會更容易造成eccDNA的形成;并且大部分的eccDNA有段重復序列,但是也有相當的部分沒有重復序列,不能與任何附近的序列發生重組;高GC、轉錄刺激區域,像R-loop形成和修復促進eccDNA的形成;同源重組會切除重復DNA產生序列更大的eccDNA。而就DNA損傷修復而言,研究發現致ai物會提高eccDNA的水平,同時一些特異的DNA損傷修復蛋白是eccDNA形成所必需的,但是還有一些是非必需的。天津云序環狀DNAeccDNA高通量檢測的關鍵步驟是要通過實驗手段對其進行有效的富集。

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組織細胞環狀DNA測序游離于染色體基因組之外的DNA (extrachromosomal DNA,ecDNA)被發現常常以環狀的形式存在,這種形式的DNA被稱為環狀DNA (extrachromosomal circular DNA,eccDNA)。目前也習慣將巨大的環狀DNA(>1Mb)稱為ecDNA, 而將相對較小的環狀DNA稱為eccDNA。 傳統觀點認為真核基因組通常形成穩定的線性染色體。但best新的研究表明:無論是在正常體細胞還是ai細胞中,都存在大量染色體外環狀DNA。云序生物是國內best早提供 eccDNA 測序服務的公司,云序在2018年已就啟動了組織細胞 eccDNA 測序服務的開發。

環狀DNA具有線性DNA不具備的動力學和拓撲學特點,因此環狀DNA作為DNA納米技術的重要組成部分被人們很大關注。Zheng等[4]以單鏈環狀DNA為基本單元成功制備了DNA納米管結構;多個課題組以單鏈環狀DNA為原料,制備了2個或多個DNA環相互穿套的連環結構(Catenane),并將其制備成可控的分子開關或分子機器等。相對于線性DNA,環狀DNA不易被核酸外切酶降解,在溶液中單一分散、不易聚合,這些特性決定了其在藥物運輸、基因調控、疾病診斷和基因醫治等領域的應用更具優越性。因為這些環狀 DNA 存在于染色體之外,因此也得名“染色體外環狀 DNA”。

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eccDNA的大小從幾百bp到幾十Mb不等,其中較小的一種是2012年Science報道的被稱作MicroDNA的特殊的eccDNA,大小只有200-400bp,有片段過短,因此不能攜帶完整的基因序列;但是目前MicroDNA被認為具有一些重要的調節功能,包括調控RNA的轉錄過程,或者通過分子海綿的作用調控一些非編碼RNA的表達,同時這種DNA也被認為是可能在未來應用于液體活檢來監測ai癥的發生和發展的一種體外游離DNA的形式。雙微體形式存在的eccDNA一般較大,100kb-3Mb等,很多可以在光學顯微鏡下被觀察到,能夠攜帶一些完整的基因結構和上游的調控序列。eccDNA測序的目的正是在組學的層面上全mian的描述刻畫eccDNA的成環多種可能性。天津云序環狀DNA

目前也習慣將巨大的環狀DNA(>1Mb)稱為ecDNA。天津云序環狀DNA

為了尋找 eccDNA 基因組來源,研究者選用了非ai細胞系 mESC 作為研究對象,以確保正常的基因組狀態。隨后,采用前述的方法分離純化了高純度的 eccDNA,并采用平行的兩種不同方法(滾環擴增+單分子納米孔測序、Tn5 轉座酶片段化后 PCR 擴增+ illumina 高通量測序)對 eccDNA 進行了測序,兩種方法均發現,eccDNA 的來源序列普遍分布于整個基因組上,在各條常染色體上表現出高度均勻分布特征。云序生物是國內best早提供 eccDNA 測序服務的公司,云序在2018年已就啟動了組織細胞 eccDNA 測序服務的開發,天津云序環狀DNA

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